เขาถูกขึ้นบัญชีดำในช่วงปี 1950 Red Scare และสูญเสียการรักษาความปลอดภัย

ในปี พ.ศ. 2489 สหรัฐอเมริกาได้จัดตั้งคณะกรรมาธิการพลังงานปรมาณูเพื่อดูแลโครงการอาวุธนิวเคลียร์ของประเทศ ออพเพนไฮเมอร์ใช้ตำแหน่งของเขาในคณะกรรมาธิการนี้เพื่อโต้แย้งให้มีการควบคุมอาวุธนิวเคลียร์มากขึ้นและต่อต้านการพัฒนาระเบิดไฮโดรเจน ซึ่งสหรัฐฯ ได้ทดสอบเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2495 “เขาไม่เห็นด้วยกับการทำระเบิดไฮโดรเจน ซึ่งเป็น'ซุปเปอร์บอมบ์'เพราะมีพลังมากกว่า [ระเบิดที่ทิ้ง] ฮิโรชิมาและนางาซากิถึง 1,000 เท่า” ซินเธีย ซี. เคลลี ผู้ก่อตั้งและประธานมูลนิธิมรดกปรมาณูกล่าว ออพเพนไฮเมอร์กังวลเกี่ยวกับการทำลายที่อาจเกิดขึ้นซึ่งการแข่งขันทางอาวุธเพื่อสร้างระเบิดที่ใหญ่ขึ้นและใหญ่ขึ้นจะปลดปล่อยออกมา นักธุรกิจ Lewis Strauss ซึ่งเป็นประธานคณะกรรมาธิการพลังงานปรมาณูในปี 2496 ไม่ชอบการต่อต้านของ Oppenheimer ต่อระเบิดไฮโดรเจน และจัดให้มีการพิจารณาคดีเพื่อสอบสวนความภักดีของ Oppenheimer นี่เป็นจุดสูงสุดของเหตุการณ์ Red Scare ครั้งที่สอง เมื่อวุฒิสมาชิกโจเซฟ แมคคาร์ธีจัดการไต่สวนเพื่อเปิดโปงผู้ที่ควรเป็นคอมมิวนิสต์ในรัฐบาลกลาง ด้วยความช่วยเหลือของFBIซึ่งดักฟังโทรศัพท์ของ Oppenheimer อย่างผิดกฎหมายประวัติศาสตร์คณะกรรมาธิการพลังงานปรมาณูได้โต้แย้งในระหว่างการพิจารณาคดีว่าความสัมพันธ์ของ Oppenheimer กับคอมมิวนิสต์ทำให้เขาเป็นภัยคุกคามต่อความปลอดภัย ในปีพ.ศ. 2497 รัฐบาลได้ยกเลิกการอนุญาตด้านความปลอดภัย ทำให้เขาเป็นหนึ่งในบุคคลจำนวนมากที่ถูกขึ้นบัญชีดำในยุคนั้น